Начиная с 1988 года начал устанавливаться новый дизельный двигатель (4D56T — 2.5 л) с турбиной и интеркулером. С 1990 года ставится новый бензиновый двигатель (6G72 — 3.0 л) — V-образная шестерка, в настоящие время этот двигатель с небольшими изменениями ставится на Pajero для японского рынка и арабских стран. Так же в разные годы на Pajero первого поколения устанавливались бензиновые двигатели, карбюраторный 4G63 — 2 л и впрысковый 4G64 — 2.4 л. Кроме 5-ти и 3-х дверных версий была 3-х дверная версия с мягкой задней частью крышы — кузов canvas top.
В 1990 году был запущен в серию длиннобазный «Mitsubishi Pajero Elite», отличавшийся от базового варианта облицовкой панели приборов и дверей из орехового дерева, люком в крыше, окраской в голубый или серый цвет.
В 1990 году Mitsubishi заняла первое место в группе Т3 на ралли Тунис, а в 1991 году 2-е место в общем зачете на ралли Париж - Дакар.
В начале 1991 года в небольшом количестве вышли три особые модификации:
- «Mitsubishi Pajero Togo» — короткобазный «canvas top» (с мягким верхом) с кожаным салоном со вставками из дерева ценных пород, литыми дисками и расширенными арками колёс
- «Mitsubishi Pajero Exe» — длиннобазный, с системой централизованной блокировки замков и салоном голубого цвета
- «Mitsubishi Pajero Osaka» — с системой централизованной блокировки замков и кожаным салоном со вставками из дерева ценных пород.
Компании Hyundai Precision Products в 1991 году была продана лицензия на производство Pajero, он производился как Hyundai Galloper с 1991 по 2003 год.
1991—1999 Второе поколение (Pajero II)
В 1991 году начался выпуск второго поколения Pajero, на нём впервые появилась трансмиссия Super Select 4WD, которая позволяет передвигаться на полном приводе по сухим поткрытиям за счет наличия межосевого дифференциала. Устанавливалось два двигателя — бензиновый (6G72 — 3.0 л) и дизельный (4D56 — 2.5 л). В пятидверной версии появился третий ряд сидений, а кузов с мягкой крышей обзавелся электроприводом. На втором поколении существовала комплектация с регулируемыми амортизаторами из салона а/м, а также с гидросистемой изменения клиренса.
Наряду с комфортабельными Pajero, выпускался и коммерческий вариант - с двигателями от первого поколения (бензиновый 4G54 и дизельный 4D56), трансмиссией Part-Time (отключаемый передний мост без межосевого дифференциала), рессорной подвеской задних колёс и менее комфортабельным салоном.
В 1993 году появились новые двигатели: бензиновый (6G74 — 3.5 л) с двумя верхними распределительными валами и дизельный (4M40 — 2.8 л) с интеркулером и цепным приводом ГРМ. В том же году произошла модернизация бензинового двигателя 6G72, он получил по 4 клапана на цилиндр. Подвеска пружинная на двойных поперечных рычагах сзади и торсионная спереди. Трансмиссия Super-Select 4WD позволяет выбирать между задним и полным приводом, включать понижающий ряд передач и блокировку центрального дифференциала. Большинство машин комплектовались блокировкой дифференциала задней оси, переключаемой из салона, некоторые машины дополнительно комплектовались АБС.